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Proteine falten geht in Verlängerung (Corona)

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Wer mich kennt, der weiss, dass Distributed Computing schon lange in Hobby von mir ist. In den letzten zwei Jahren forcierte ich vor allem das Projekt Folding@Home. Ein Projekt dass Grundlagenforschung im Medizinalbereich betreibt. Auf meinem Blog habe ich bereits darüber berichtet.

Kurz gesagt geht es darum, dass man mit der eigenen Rechenpower die Wissenschaft beim lösen von Problemen helfen kann. Bei Folding@Home geht es um Proteinfaltung, die bei sehr vielen Krankheiten und deren Behandlung eine zentrale Rolle spielt.

Bei mir kommt doch ein bisschen Rechenpower zusammen, weshalb ich meine Kisten zu einem grossen Teil für die Wissenschaft rechnen lasse. Allerdings stoppe ich meine Beteiligung meist so im Mai, weil die Rechner doch ein bisschen heizen. Im Sommer macht sich das natürlich besonders bemerkbar.

Meine Rechner helfen der Wissenschaft im Kampf gegen Corona

Doch momentan laufen alle Kisten noch auf Vollgas. Denn Folding@home beteiligt sich an der Grundlagenforschung von Covid-19. Deswegen beteilige ich mich auch daran.

6 mal so schnell wie der schnellste Supercomputer

Das Rechennetzwerk von Folding@Home hat massiv zugelegt. Es verfügt nun über sechs mal mehr Rechenpower als der schnellste Supercomputer der Welt. Mit 1300 Petaflops verfügen wir über eine ordentliche Schlagkraft. Wer auch noch beim Kampf gegen Corona mitrechnen möchte, Kann sich das Programm von der Folding@home Seite herunterladen, und los rechnen.

Ich rechne auch noch ein bisschen weiter, bis es mir, vermutlich irgendwann im Juli, zu heiss wird 😉

Einer von einer Millionen

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Zertifikat von Folding@home

Weihnachten ist vorbei, und damit auch die Zeit der tausend Bettelbriefe. Auch ich habe gespendet, kein Geld, aber Rechenleistung. Ja das kann man, und ist sogar ziemlich einfach. Aber bevor ich Euch jetzt sage wie, möchte ich noch sagen, warum ich das tue.

Wie einige von Euch vielleicht wissen, hatte ich im Jahre 2005 Lymphdrüsenkrebs. Ich konnte nach einem Jahr geheilt werden. Einige Medikamente, die ich bekam waren relativ neue Entwicklungen. Ich weiss nicht, wo ich ohne diese heute wäre. Auch wenn ich punkto Medikamente eher kritisch bin, und nur das nehme was wirklich sein muss (aktuell gar nichts), so können sie manchmal doch über Leben und Tod oder auch über mehr Lebensqualität entscheiden.

Doch um Medikamente zu entwickeln muss man erst mal die Krankheiten verstehen. Grundlagenforschung ist angesagt. Die Ursache vieler Krankheiten liegen in fehlerhafter Proteinfaltung. Proteine sind Eiweisse die in unserem Körper wichtige Aufgaben übernehmen. Dabei falten sie sich auf sehr komplexe weise. Die Proteinfaltung lässt sich mathematisch berechnen, braucht aber unglaubliche Rechenpower

Und genau darin liegt das Problem, die Wissenschaft hat in diesem Bereich zwar die Tools aber nicht die Rechenpower um die Probleme zu lösen. Dabei ist eigentlich auf der Welt Rechenpower im Überfluss vorhanden. Denn ein durchschnittlicher Anwender braucht meist unter 10 Prozent der Rechenleistung des Computers. Und die restlichen 90 Prozent kann man der Wissenschaft zur Verfügung stellen.

Auf der Website von folding@home könnt ihr ein Programm runterladen und installieren. Damit kann auch dein Computer zur Grundlagenforschung beitragen. Leider gibt es aktuell wesentlich mehr Arbeit als Rechner und deswegen hoffen wir auf Verstärkung.

Wenn die eigenen Rechner für die Wissenschaft arbeiten

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Supercomputer… Darunter stellt man sich erst mal diese monströsen Maschinen vor, die ein halbes Kraftwerk an Strom verschlingen und Unmengen kosten. Ja, diese riesen Maschinen existieren wirklich. Sie werden überwiegend für Wissenschaftliche Arbeiten gebraucht. Meistens sind das Simulationen aller Art. Diese Monster bekommt der normale Bürger nie zu Gesicht. Doch wusstest du, dass auch du Teil eines gigantischen Super Computer sein kannst? Noch besser, du kannst damit dein Computer in den Kampf gegen diverse Krankheiten wie Krebs, Alzheimer, Parkinson, Multiple Sklerose usw. schicken.

Die Proteinfaltung ist noch ein sehr unerforschtes Gebiet in der Gesundheitswissenschaft. Proteine falten sich unglaublich viel… meistens geht das richtig ab, doch manchmal geht da auch was schief. Die Faltung von Proteinen kann man mit Computer simulieren, nur das braucht eine unglaubliche Rechenpower. Missfaltung der Proteinen spielt eine zentrale Rolle in vielen Krankheiten.

Folding@home ist ein Projekt der Standford University das Grundlangenforschung auf dem Gebiet der Proteinfaltung betreibt. Sie setzen bei den gigantischen Rechenaufgaben auf Verteiltes Rechnen. Dabei werden riesige Rechenaufgaben in kleine Häppchen aufgeteilt. Als zweites holen sich ganz normale Computer diese Aufgaben, lösen sie und senden die Resultate wieder an den Server zurück. Auf diese Weise kann man seine Rechenleistung spenden.

Dem Projekt sind aktuell über 100’000 Rechner weltweit angeschlossen, doch es reicht nicht aus. Das Projekt könnte 1Mio Rechner gebrauchen. Wenn ihr auch ein Teil der Rechenarmada sein wollt, geht auf foldingathome.org und ladet Euch die Software herunter. Und an alle Gamer… Eure Grafikkarte bringt da besondere Leistung.

Ich unterstütze dieses Projekt schon seit vielen Jahren, und immer wenn es kälter wird, schmeisse ich meine Rechner an. Ach ja, ich möchte noch anmerken, man kann das Programm rechnen lassen, und mit dem Computer arbeiten. Das Programm nutzt nur die Restrechenleistung. Der Computer wird nicht ausgebremst dadurch.

Nun wünsche ich Euch allen ein gutes rechnen.